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MC = Monte Carlo

[url=http://www.charmm.org]CHARMM[/url] ist "schön" parametrisiert für Proteine und entsprechend praktisch für Kraftfeldrechnungen damit und kann mit Gamess/Mopac zusammen für QM/MM verwendet werden. Ehrlich gesagt, weiss ich nicht, was du in Gaussian selbst alles für Kraftfelder zur Verfügung hast.

Der Schritt zu vollständig nur MM ist doch ein sehr grosser, aber das wirst du wissen... Kommt natürlich auch darauf an, was du in der Tasche an aktiven Zentren hast, was "sinnvoller" ist.


Grüsse
alpha

[quote="alpha"]Erstens: Hast du genügend Power zur Verfügung? - Weil wenn du eine "grosse" Tasche einigermassen sauber samplen willst mittels Dynamik, reichen ein paar ps nicht aus.[/quote]
ja, habe ich

[quote="alpha"]Wenn ich dich richtig verstehe, bist du eigentlich auf der Suche nach constraints während der Dynamik?
Bist du sicher, dass du die Tasche fixieren möchtest oder ist das nur die Notlösung, weil du nicht ein grösseres System mit QM/MM rechnen magst/kannst/willst?
[/quote]
Im Grunde stimmt es, das fixieren ist ein constraint für die Dynamik.
Ich wollte es mit gaussian, wegen der Genauigkeit, machen. Ich werde dann wohl das ganze Protein mit MM in MOE rechnen lassen und hoffen das es reicht.

[quote="alpha"]Bei letzterem kannst du natürlich auch die Tasche festhalten, aber nicht mehr "einfach" mit Gaussian rechnen, z.B. CHARMM/GAMESS (oder MOPAC).
[/quote]
Meinst du jetzt Kraftfeldrechnung in Gaussian oder direkt in MOPAC,... ?

[quote="alpha"]Schon mal an MC gedacht? - Bin mir nur ziemlich sicher, dass sowas nicht standardmässig (in Programmen wie Gaussian) implementiert ist oder ich hab's zumindest noch nicht gesehen?[/quote]
also mit der Abkürzung MC kann ich gerade nichts anfangen

Erstens: Hast du genügend Power zur Verfügung? - Weil wenn du eine "grosse" Tasche einigermassen sauber samplen willst mittels Dynamik, reichen ein paar ps nicht aus.
Wenn ich dich richtig verstehe, bist du eigentlich auf der Suche nach constraints während der Dynamik?
Bist du sicher, dass du die Tasche fixieren möchtest oder ist das nur die Notlösung, weil du nicht ein grösseres System mit QM/MM rechnen magst/kannst/willst?
Bei letzterem kannst du natürlich auch die Tasche festhalten, aber nicht mehr "einfach" mit Gaussian rechnen, z.B. CHARMM/GAMESS (oder MOPAC).

Schon mal an MC gedacht? - Bin mir nur ziemlich sicher, dass sowas nicht standardmässig (in Programmen wie Gaussian) implementiert ist oder ich hab's zumindest noch nicht gesehen?

noch als Nachtrag:

ich möchte schauen wie sich der Ligand in der Tasche verhält, also welche Interaktionen zwischen dem Liganden und der Tasche noch wichtig sind; mittels Dynamik.

Es ist eine recht große Tasche und es gibt Liganden die sehr aktiv sind aber recht klein. Ich bin davon ausgegangen das in diesem Fall die Metall-Koordination sehr wichtig ist, vielleicht sogar schon ausreicht. Dem scheint aber nicht, somit sind jetzt die restlichen Interaktionen interessant. Um mir einen Überblick zu verschaffen, wie sich die kleinen Liganden nun in der Tasche verhalten, wollte ich das mit der Dynamik machen.

Um mein Problem noch mal genauer darzustellen:

Ich hab ein Pocket mit einem Liganden drin. Ich möchte aber im Grunde nur eine Dynamik des Liganden in der Tasche durchführen, also die Tasche festhalten.

Ich kenne es aber nur, dass das gesamte System bei der Dynamik angesprochen wird. Das sich nur der Ligand bewegt wollte ich mittels der partiellen Optimierung bewerkstelligen.

Das simmulated annealing ist hier nicht die richtige Lösung, bin ich der Meinung.

ist diese Teilweise Dynamik überhaupt möglich? Aus der Hilfe bei gaussian werde ich in dem Sinne irgendwie nicht schlau.

Also, in [url=http://www.cache.fujitsu.com/mopac/Mopac2002manual/node85.html]Mopac[/url] scheint das zu gehen, in [url=http://www.gaussian.com/g_ur/k_bomd.htm]Gaussian[/url] ebenfalls. Oder ist simmulated annealing nicht das, was du in etwa gesucht hast?

Mit MCTDH geht es bestimmt, aber das ist nicht genau die gleiche Ebene (Kerne werden als Wellenfunktionen in imaginärer Zeit propagiert, was zu einer Relaxation führt).

Grüsse
alpha

Hallo,

da es hier keinen eigenen Bereich für die theoretische Chemie gibt schreib ich es mal hier mit rein (da ich unteranderem in der organische Chemie eingeschrieben bin).

Meine Frage ist die:

Geht es irgendwie in Gaussian (oder in einer anderen Software wie MOPAC, ...) die Dynamik mit einer partielle Optimierung durchzuführen?

Für sich alleine geht beides, also die partielle Optimierung bzw. die Dynamik aber zusammen will es bei mir nicht klappen.

Meine keywords (schön einfach gehalten):

#t Popt=Z-matrix bomd b3lyp/3-21g

Ich bedanke mich schon mal im vor raus.