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zonko hat geschrieben:ui, sorry fuer die spaete antwort.

also fuer mich sieht das ding aus wie ein gleichschenkliges dreieck. dir grundseite ist ca. 11 angstroem lang un die schenkel ca. 13 angstroem. das dreieck hat eine "dicke" von 7 angstroem, wobei das einen maximalwert darstellt und je nach konformation auch nur die haelfte sein kann.

Das sind alles ungefaehre Werte.

Hilft Dir das weiter?

Gruss zonko

Ich versuche zur Zeit gerade die Fläche eines Moleküls zu bestimmen. Ich will damit berechnen, wie viel Moleküle ich theoretisch auf einer Silicaoberfläche bzw. pro Menge Silica immobilisieren kann (annhame Monolayer). Ich habe das besagte Programm und kann mein Molekül auch in der 3D-Ansicht betrachten aber sehe keine Option zur berechnung

aeehh ja ich war etwas unorthodox bei der auswertung weil ich im moment sehr wenig zeit habe.

ich hab eine semiempirische rechnung gemacht, mir die elektronendichtewolke anzeigen lassen, die atomabstaende ausgemessen und dann pi mal daumen die elektronenwolke dazugezaehlt.
das programm das ich verqendet habe was MS modeling, leider unbezahlbar. Es gibt freie software die das auch kann, aber angesichts der tatsache, dass cyclobutan auf die gleichen ergebnisse kommt wuerde ich einfach chemsketch verwenden und das so in die arbeit schreiben.
wenn du es auf die harte tour willst:"ghemical" ist das einzige mir bekannte freie computerchemie-programm, das eine graphische oberflaeche besitzt.

Die light-variante: ich schicke dir das ergebnis als .xyz-Datei, es enthaelt dann nur die atomkoordinaten. die koenntest du mit "molekel", was recht einfach zu bedienen ist, ausmessen. dort kann man auch van der Waals -oberflaeche und "solvent accessible surface" einblenden lassen.

Aber am einfachsten ist immer noch chemsketch kannst ja dann was von kraftfeldrechnung und vdW-Radien in die arbeit schreiben

Gruss zonko

btw: lobend erwaehnen musst du uns nicht, obwohl sich "vielen dank an cyclobutan und zonko von chemiestudent.de" sicher lustig machen wuerde in der arbeit

Wow ich muss sagen, auf die Chemiker kann man sich wirklich verlassen. Das hilft mir wirklich sehr weiter. Kann ich glatt mit in die Diplomarbeit schreiben. ich werde euch natürlich lobend erwähnen.

@zonko: Wie hast du denn die letztendliche Größe bestimmt? Also ich meine welches Programm hast du verwendet und kann man das eventuell auch als Freeware runterladen?

Gruß,

Termitenjäger

P.S. Ihr kennt euch nicht zufällig noch mit der pH abhängigen Stabilität von Thioethern aus ?

Hallo,

ich habe die Maße auch mal ganz grob mit Chemsketch abgeschätzt:

- Molekül gezeichnet
- 3D-Strukturoptimierung (das ist ein internes, parametrisiertes Kraftfeld)
- Im 3D-Viewer "vermessen" über Atom-Atomabstände

Im Viewer kann man sich auch ein Kugelmodell mit Van-der-Waals-Radien darstellen lassen.

Hier sieht es so aus, dass die drei planaren kondensierten Sechsringe des Fluoresceins gegenüber dem planaren Rest des Moleküls um ca. 30 Grad verdrillt sind.

In der Aufsicht sieht es genauso aus wie von zonko beschrieben, die Höhe des "Dreiecks" ist ungefähr 13 Angström, die Länge der Grundseite 10-11 Angström. Die "Dicke" ist nicht direkt ausmessbar, sieht aber nach 5-8 Angström aus.

Passt doch perfekt Bin erstaunt... Die Ergebnisse von zonko aus der quantenmechanischen Rechnung können natürlich viel besser sein, aber für die Abschätzung hat das ganz gut funktioniert.

Das Chemsketch kann man bei http://www.acdlabs.com/download/ als Freeware herunterladen.



Viele Grüße,
cyclobutan

ui, sorry fuer die spaete antwort.

also fuer mich sieht das ding aus wie ein gleichschenkliges dreieck. dir grundseite ist ca. 11 angstroem lang un die schenkel ca. 13 angstroem. das dreieck hat eine "dicke" von 7 angstroem, wobei das einen maximalwert darstellt und je nach konformation auch nur die haelfte sein kann.

Das sind alles ungefaehre Werte.

Hilft Dir das weiter?

Gruss zonko

ok, ueber ostern hab ich wohl etwas zeit. ergebnis kommt dann, aber ohne gewaehr.



gruss zonko

da ich leider weder zugriff auf quantenchemie-programme noch auf computerchemie-leute habe, würe ich gern auf dein angebot zurückkommen, wenn es nicht zu viele umstände macht.
das molekül heisst fluorescein-5-maleimid. der link müsste dich zu ner abbildung des moleküls führen
http://www.komabiotech.co.kr/product/fl ... /91028.htm

vielen dank schonmal.

gruß von termitenjäger

alle ueblichen quantenchemie-Programme werden dir ein groesse ausspucken koennen.

frag einfach mal bei den computerchemie-leuten nach.

gruss zonko

ps: im notfall kann ich dir auch was berechnen

Hallo,

vielen Danke erst mal für die schnelle Antwort. Ich brauche die Größe, am besten in Angström, weil ich die Zugänglichkeiten von Cysteinen einees Transmembranproteins über einen hydrophilen Spalt untersuchen will. Wenn ich weiß wie groß das Fluorescein-5-Maleimid ist, dann kann ich eine Aussage treffe, wie groß mindestens der Spalt sein muss, damit ein Rest erfolgreich markiert werden kann.

Gruß,

Termitenjäger

Was verstehst du unter "Molekülgrösse"? - Ich meine: Im Feststoff kannst du das aus Röntgenbeugungsexperimenten bestimmen, aber sonst? - Berechnen kannst du irgenwas wie 90 % der Elektronendichte oder ähnliches, denn 100 % = unendlich.

Wofür brauchst du denn die "Grösse"?


Grüsse
alpha

Hallo,

mein Anliegen wäre, wie ich die eigentliche Molekülgröße in Angström von dem Molekül Fluorescein-5-Maleimid ermitteln kann. Gibt es dafür bestimmte Computerprogramme, oder kann mir vielleicht jemand die Größe direkt sagen?

Vielen Dank schonmal.