itraq labelling
Verfasst: 19.09. 2008 10:33
Guten Morgen,
meine Frage dreht sich um die quantitative Analyse von mehreren Samples.
Hierbei besteht ein Sample aus sagen wir ca. 10 verschiedenen Proteinen.
Die Analyse findet mittels eines LC/MSMS Apparates statt.
Analysiert werden sollen 5 Samples.
Der grobe Ablauf sieht dabei folgendermaßen aus:
Zunächst wird aus dem ersten Sample eine Probe entnommen und auf
die LC Säule geleitet. Dort werden die sich in der Probe befindlichen
Proteine aufgrund unterschiedlicher Eigenschaften aufgetrennt.
Die Proteine eluieren also nacheinander von der Säule und gelangen
direkt in den MS. Hier werden sie mittels ESI ionisiert und gelangen
anschließend in den Quadrupol. Der Quadrupol ist so eingestellt,
dass alle Proteine die detektiert werden soll diesen auch passieren können.
Die anderen kollidieren mit den Elektroden des Quadrupols.
Anschließend werden die Proteine, die den Quadrupol passieren konnten mittels
TOF weiter selektiert.
Da wir also so für jedes Sample ein separates Spektrum erhalten kann man
nacher sehr einfach sagen welches Protein zu welchem Sample gehört und welche
Proteine vorhanden sind.
Würde man diese quantitative Analyse mit ITRAQ durchführen, würde man ja
zunächst alle 5 Sample einzeln mit den ITRAQ Markern markieren. Wobei
ja alle Proteine eines Samples markiert werden. Dabei ändert sich
so weit ich weiss die Masse der Proteine nicht.
Nachdem alle Proteine aller 5 Samples markiert worden sind, werden
die 5 Samples zu einer Gesamtprobe zusammengeschüttet.
Anschließend wird aus dieser Gesamtprobe eine kleine Probe entnommen
und in die LC/MSMS Apparatur geleitet und letzten Endes wieder detektiert.
Es resultiert ja ein Spektrum für alle Samples.
Was ich jetzt nicht verstehe ist wie man hierbei die einzelnen Proteine
wieder den richtigen Samples zuweisen kann.
Ich hab schon ein paar Texte über ITRAQ gelesen jedoch nicht wirklich
verstanden was Sache ist. Anscheinend fallen diese Marker bei der
Selektierung im MS wieder ab und erscheinen dann im Spektrum bei bestimmten
m/Z Werten (114-117?). Aus den Signalverhältnissen kann man dann anscheinend wieder
Rückschlüsse ziehen. Aber wie genau keine Ahnung.
Ich wäre euch sehr dankbar wenn mir einer den Vorgang der da genau
passiert erklären könnte oder eine gute Seite weiss wo das Ganze
gut erläutert wird.
Vielen Dank!
Gruß
meine Frage dreht sich um die quantitative Analyse von mehreren Samples.
Hierbei besteht ein Sample aus sagen wir ca. 10 verschiedenen Proteinen.
Die Analyse findet mittels eines LC/MSMS Apparates statt.
Analysiert werden sollen 5 Samples.
Der grobe Ablauf sieht dabei folgendermaßen aus:
Zunächst wird aus dem ersten Sample eine Probe entnommen und auf
die LC Säule geleitet. Dort werden die sich in der Probe befindlichen
Proteine aufgrund unterschiedlicher Eigenschaften aufgetrennt.
Die Proteine eluieren also nacheinander von der Säule und gelangen
direkt in den MS. Hier werden sie mittels ESI ionisiert und gelangen
anschließend in den Quadrupol. Der Quadrupol ist so eingestellt,
dass alle Proteine die detektiert werden soll diesen auch passieren können.
Die anderen kollidieren mit den Elektroden des Quadrupols.
Anschließend werden die Proteine, die den Quadrupol passieren konnten mittels
TOF weiter selektiert.
Da wir also so für jedes Sample ein separates Spektrum erhalten kann man
nacher sehr einfach sagen welches Protein zu welchem Sample gehört und welche
Proteine vorhanden sind.
Würde man diese quantitative Analyse mit ITRAQ durchführen, würde man ja
zunächst alle 5 Sample einzeln mit den ITRAQ Markern markieren. Wobei
ja alle Proteine eines Samples markiert werden. Dabei ändert sich
so weit ich weiss die Masse der Proteine nicht.
Nachdem alle Proteine aller 5 Samples markiert worden sind, werden
die 5 Samples zu einer Gesamtprobe zusammengeschüttet.
Anschließend wird aus dieser Gesamtprobe eine kleine Probe entnommen
und in die LC/MSMS Apparatur geleitet und letzten Endes wieder detektiert.
Es resultiert ja ein Spektrum für alle Samples.
Was ich jetzt nicht verstehe ist wie man hierbei die einzelnen Proteine
wieder den richtigen Samples zuweisen kann.
Ich hab schon ein paar Texte über ITRAQ gelesen jedoch nicht wirklich
verstanden was Sache ist. Anscheinend fallen diese Marker bei der
Selektierung im MS wieder ab und erscheinen dann im Spektrum bei bestimmten
m/Z Werten (114-117?). Aus den Signalverhältnissen kann man dann anscheinend wieder
Rückschlüsse ziehen. Aber wie genau keine Ahnung.
Ich wäre euch sehr dankbar wenn mir einer den Vorgang der da genau
passiert erklären könnte oder eine gute Seite weiss wo das Ganze
gut erläutert wird.
Vielen Dank!
Gruß