Kristallstruktur (Diamonds)-Dummieatom einbauen, wie ???

[Gast]

Hey ihr Lieben!

Hab da grad ein Prob:

Und zwar hab ich ne Kristallstruktur wo ein Metallatom (Yttrium) zu zwei Cyclopentadienyl-Ringen (einer oben, einer unten) koordiniert.
Ich hab als Software Diamonds 2.1c .. Wenn ich die Struktur da habe,
bekomme ich praktisch von jedem C-Atom des Cp-rings zum Yttrium
eine koordinative Bindung (gestrichelte Linie) angezeigt....

Nun brauch ich aber im Zentrum des Cp-rings ein Dummie-Atom,
so dass ich den Abstand Yttrium-Cp(center) angeben kann....

weiß viell. jemand wie ich das bewerkstelligen kann? ich hab
das noch nie gemacht und mir wurde das auch nicht erklärt...

[AV]

Also die Position des Dummy-Atoms musst du natürlich per hand ausrechnen ...
Einfügen kannst Du das dummy Atom, indem Du ihm statt einem richtigen Element-Namen ein ? verpasst. Dadurch wird es als Dummy gekennzeichnet ...

btw ...
Eine Struktur, wo Yttrium zwei Cyclopentadienyl-Ringe koordiniert ... sag doch gleich Yttrocen

[Gast]

ok, danke erstmal...werd ich morgen mal probieren....

[Gast]

hey AV!!

ich checks einfach nich.... wie kann ich denn überhaupt ein neues Atom mit sepz. Position einfügen? wenn ich auf add atoms geh, hab ich halt meine Liste mit den Atomen aus meinem Komplex.....aber wie bekomm ich da neue atome rein?



kannst mir das viell. genauer erklären? oder gibts da n tutorial im internet irgendwo?

[Ardu]

Also, ich hab jetzt mal in der Diamond-Hilfe nachgeschaut, da kommt dann folgende Anleitung (sogar am Beispiel eines Cyclopentadienylringes):

• To define a dummy atom - for example in the center of a cyclopentadienyl ring -, follow these steps:
  
  1. Build up the structure as described in the previous chapters. (For the above example, make use of the molecule function.)
  2. Select the five C atoms of the cyclopentadienyl ring, and then choose the Insert atom command from the Structure menu. This will open the Insert atom dialog, like in the following example:
  3. Change the atom symbol, which is "Dummy" by default (or "Dummy2" for the second dummy atom, etc.), if you want, and then confirm with OK.
  4. Choose the Atom types command from the Edit menu, which opens the Atom types dialog, if you want to change the shape of the dummy atom. (See "Designing Atoms and Atom Types: Overview" how to edit atom types.)
  
  How to connect the dummy atom with the praseodym atom like in the picture, see the article "Inserting a Bond Between Two Atoms
  ". To make the bond "fragmentated", read the article "Fragmentated Bonds".

Taleyra

[Ardu]

Ach ja, im Bild taucht der Dummy natürlich nicht auf, aber in der "atomic parameters" oder "created atoms" Liste.

Und die Bindung kann man dann ganz einfach über Structure -> Insert Bond machen (einfach den Dummy und das Metallatom in der Grafik markieren, beim Dummy muss man dann eben die Position erraten). Und über Edit -> Bond Type kann man dann die Bindung so formatieren (dick, dünn, fragmentiert), wie man will.

[AV]

Jo ... klappt astrein ...

Also nochmal für die des Englischen nicht mächtigen:

Die fünf Kohlenstoffe auswählen (Mehrfachauswahl ist mit gedrückter Shift-Taste möglich).
Dann im Menü Structure Add Atoms auswählen .... und einfach OK drücken ...

[Ardu]

nein, nicht Structure -> Add Atoms sondern Structure -> Insert Atom.

Bei Add Atoms kann man bereits bestehende Atome in ein Bild einfügen. Bei Insert Atoms wird vom Program ein zentral liegender Dummy berechnet und eingefügt.

Taleyra

[Gast]

Hey super!!!!

danke danke.... so klappt das ja ganz easy

dann kann ich meinen AC-F bericht endlich ma fertig abgeben
(nach langer langer zeit )

[Ardu]

Gern geschehen